女儿有两个户口，她爸爸在农村给她上了一个户

法律分析：非婚生子女随父、随母出生申报。婴儿出生后一个月以内，由户主、亲属、抚养人或者邻居向婴儿常住地户口登记机关申报出生登记。
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非婚生子女上户口的问题上，具体解决方法各地方各有不同，一般来说，非婚生子女上户口时除了要有出身证明以外，有的地区还需要有进行身份公证，此外，在需要生育证的地区，父母要先到户口所在地的街道计生办缴纳一定数额的社会抚养费（计划外生育罚款）、落实计划生育措施；之后才可以凭计生部门开出的证明到公安机关上户口。
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非婚生子女上户口时除了要有出生证明以外，有的地区还要进行身份公证。此外，在需要生育证的地区，父母要先到户口所在地的街道计生办缴纳一定数额的社会抚养费（计划外生育罚款）、落实计划生育措施；之后才可以凭计生部门开出的证明到公安机关上户口。根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十一条明确规定，非婚生子女享有与婚生子女同等的权利，任何组织或者个人不得加以危害和歧视。不直接抚养非婚生子女的生父或者生母，应当负担未成年子女或者不能独立生活的成年子女的抚养费。